La Yakuza es la mafia más poderosa de Japón. Lara se enfrenta a ella en varias aventuras.
Historia
En Tomb Raider: The Series, Lara viaja a Tokyo en 2001 para recuperar la Estatua de Jade, una figura robada por la Yakuza en China. En ese momento, la organización está liderada por Chu.
En Tomb Raider: Legend Lara vuelve a Tokyo para encontrarse con Shogo Takamoto, el actual líder de la banda criminal. Shogo ha robado un fragmento de Excalibur y la joven acuerda un encuentro en la capital para conseguirlo. Lara acaba llevándose el artefacto y enfrentándose a multitud de mercenarios de la Yakuza durante la huida.